Większość jednostek napędowych dostępnych w Škodzie Yeti współpracuje z sześciostopniowymi przekładniami manualnymi. Wyjątkiem jest silnik 2.0 TDI CR DPF 81 kW, który w wariancie z napędem na przednią oś współpracuje z przekładnią pięciostopniową. Dzięki optymalnemu usytuowaniu i niewielkiemu skokowi dźwigni zmiana biegów jest szybka i precyzyjna. Wyraźne zdefiniowanie położeń biegów sprawia, że jazda staje się prawdziwą przyjemnością.
Przekładnie MQ200 i MQ250 nazywane są dwuwałkowymi, ponieważ posiadają jeden wałek sprzęgłowy i jeden wyjściowy. Skrzynia biegów MQ350, zaprojektowana do napędu 4x4, ma dwa wałki wyjściowe. Pierwszy wałek obsługuje biegi od pierwszego do czwartego, drugi – piąty i szósty. Zastosowanie dwóch wałków zdawczych pozwoliło skrócić konstrukcję skrzyni biegów. Sprzęgło jest suche, jednotarczowe, sterowane hydraulicznie.
Różnice przełożeń między poszczególnymi biegami są mniejsze w sześciostopniowej skrzyni biegów (porównując z pięciostopniową), co pomaga lepiej wykorzystać moment obrotowy silnika. Szósty bieg o dużym przełożeniu (tzw. długim przełożeniu) jest szczególnie użyteczny podczas jazdy autostradą. Umożliwia wtedy pracę silnika ze względnie małą prędkością obrotową, przyczyniając się do zmniejszenia poziomu hałasu i zużycia paliwa. Podwójna synchronizacja na niższych biegach ułatwia ich zmianę.
Automatyczna skrzynia biegów jest oferowana w połączeniu z silnikiem 1,2 l/77 kW TSI i przednim napędem. Jest to bardzo nowoczesna siedmiostopniowa skrzynia biegów DSG z podwójnym sprzęgłem, która znalazła wcześniej zastosowanie w modelach Octavia i Superb. W porównaniu z tradycyjną automatyczną skrzynią z przetwornikiem hydrodynamicznym dodatkową jej zaletą jest sprawność – moment napędowy jest przenoszony na koła niemal zupełnie bez strat. Umożliwia to wręcz błyskawiczną zmianę biegów.
