Samochód został zaprojektowany zgodnie ze zmienionymi dla tej kategorii wymogami FIA. Jego budowę oparto o Fabię drugiej generacji. Zgodnie z nowymi regulacjami, pojazd wyposażono w dwulitrowy, czterocylindrowy silnik benzynowy, sześciobiegową przekładnię sekwencyjną i napęd na cztery koła z trzema mechanicznymi dyferencjałami.
Pierwszy start modelu zaplanowano na Rajd Monte Carlo w styczniu 2009 roku. Podczas rywalizacji na zimowych, zaśnieżonych trasach, auto Škody musiało sobie poradzić z bardzo zmiennymi warunkami atmosferycznymi. Wszystko poszło zgodnie z planem: debiut Fabii Super 2000 w Rajdzie Monte Carlo zakończył się spektakularnym sukcesem – zajęciem czwartego miejsca.
W ten sposób rozpoczął się niezwykle udany dla Fabii S2000 i całej drużyny Škoda Motorsport sezon. Po debiucie podczas Rajdu Monte Carlo, czeska załoga, w składzie Jan Kopecký i Petr Starý, wywalczyła drugie miejsce w Rajdzie Azorów, który odbył się w maju 2009. Miesiąc później, podczas czerwcowego Rajdu Ypres rozgrywanego w Belgii, Škoda Fabia S2000 potwierdziła swe możliwości. Duet Kopecký - Starý dotarł do mety również na drugiej pozycji.
W trakcie całego sezonu rajdowego IRC w 2009 roku, zespół świętował swoje kolejne zwycięstwa. Szczególnie wygrana duetu Hänninen - Markkula w rajdzie Rosji w lipcu i dwa zwycięstwa duetu Kopecký – Starý w rajdach rozgrywanych w Czechach i w Hiszpanii w sierpniu i wrześniu, były prawdziwym kamieniem milowym dla zespołu rajdowego Škoda Motorsport.
Rok 2010 rozpoczął się od Rajdu Monte Carlo, gdzie Škody Fabia S2000 spisały się doskonale: wszystkie trzy załogi występujące w fabrycznym zespole Škoda Motorsport, uplasowały się w pierwszej piątce.
Nowa, odświeżona Fabia S2000 po faceliftingu, pokazana po raz pierwszy na Targach Motoryzacyjnych w Genewie, zadebiutowała w tegorocznym belgijskim Rajdzie Ypres. Przyniosła ona Škodzie podwójne zwycięstwo w Belgii, a zaraz po nim - spektakularne sukcesy w następnych rundach serii IRC (Intercontinental Rally Challenge). Rozegrany niedawno Rajd Szkocji, przedostatnia eliminacja wchodząca w skład serii IRC tylko to potwierdziła: jeżdżący w barwach Škoda Motorsport Juho Hänninen i Mikko Markkula nie mieli sobie równych. Wygrywając w Szkocji, przypieczętowali swoje zwycięstwo w tegorocznej rywalizacji kierowców.
Fabia S2000 Facelift, w porównaniu ze swoją poprzedniczką, jest dłuższa i szersza. Jej długość wynosi teraz 4000 mm (poprzednio: 3992 mm), a szerokość 1820 mm (poprzednio: 1798 mm). Moc silnika zwiększono o pięć koni mechanicznych (z 265 KM do 270 KM), zaś maksymalny moment obrotowy zwiększono o 5 Nm (do 250 Nm).
