Mazda RX-8 Hydrogen RE wyposażona w silnik Wankla posiada system zasilania pozwalający kierowcy w dowolnym czasie za pomocą przycisku na desce rozdzielczej wybrać rodzaj dostarczanego paliwa. W tym przypadku ma on wybór pomiędzy benzyną a wodorem.
Instytut JARI prowadzi zakrojone na szeroką skalę badania nad autami zasilanymi paliwami alternatywnymi dla benzyny, czy oleju napędowego. Hydrogenowa Mazda RX-8 będzie uzupełniać zapas wodoru na należącej do instytutu stacji w Tsukuba.
Mazda także uczestniczy w rządowym projekcie mającym ograniczyć ilość szkodliwych związków wydalanych do atmosfery przez miliony aut jeżdżących w Japonii. Pierwszy prototypowy egzemplarz Mazdy RX-8 napędzanej ogniwami paliwowymi pojawił się na ulicach Tokio w październiku 2004 roku. Od marca 2006 Mazda dostarczyła już sześć takich pojazdów do instytucji publicznych i osób prywatnych, celem testowania ich w naturalnych warunkach miejskich.